修学院は、正式には『背振山積翠教寺修學院』といいます。
今から約1,300年前の飛鳥時代末頃。和銅２年（709）湛誉上人により「背振山」は開山されました。
背振山とは「上宮・中宮・下宮」を総称する山号で、中宮の霊仙寺を中心に「背振千坊」と讃えられた山岳仏教の聖地です。修学院は下宮にあたり、背振千古の歴史を今に伝えています。
修学院の名称の由来は、 慶長５年（1600）に鍋島直茂公（佐賀藩祖）の助力により、下宮の積翠寺が再興された折、京都の曼殊院門跡（皇族）より『修學院』の院号を賜りました。これにより、積翠寺を修学院と称するようになり、背振一山の中心も中宮の霊仙寺より下宮の修学院へと移行していきます。
藩政時代には、肥前国（佐賀県）の最北東に位置するため「佐賀城鬼門除け・国家安穏祈願寺・三密祈願の道場」と定められており「代々祈願怠るべからず」との書状が今でも掲げられています。
※詳しくは背振山の歴史をご参照ください。
※積翠教寺の「教」の字は天台宗に属することを表しています。